Lambang Universitas Methodist Indonesia mempunyai makna sebagai berikut :

1. Perisai dengan lima sudut, merupakan lambang dasar falsafah negara yakni Pancasila, ini berarti bahwa universitas dalam penyelenggaraan pendidikannya serta dalam memberi isi dan arah kehidupannya akan tetap berpedoman pada azas serta tujuan Negara Republik Indonesia.
2. Ranting dengan daun pinus, merupakan lambang ketahanan dan penyesuaian hidup. Pinus adalah tanaman yang dapat tumbuh di berbagai cuaca, ini berarti bahwa UMI harus tahan dan sanggup membina serta mengembangkan kehidupannya dari berbagai tantangan zaman dan situasi, menuju kejayaannya.
3. Tangkai dan daun palma, merupakan lambang ke-kristenan yang diambil dari Kitab Injil Yohanes yakni : ”Hosana bagi Tuhan”.
4. Buku, merupakan lambang wadah untuk mendidik, menghasilkan Manusia Indonesia yang berilmu, teguh iman, pusat pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.
5. Salib yang dikelilingi kubah, merupakan lambang ke-Kristenan. UMI sebagai salah satu lembaga pendidikan Kristen yang akan tetap berintikan salib dan kuasa Yesus Kristus yang senantiasa mengemban tugas-tugasnya berdasarkan kasih serta pengorbanan Yesus Kristus.
6. Angka 1965 dan jumlah daun yang 65 helai (daun pinus 32 helai dan daun palma 33 helai) merupakan lambang berdirinya Universitas pada tahun 1965.
7. Tulisan Universitas Methodist Indonesia pada kubah, berarti bahwa dalam gerak langkahnya, universitas akan tetap berada dalam batas ajaran Tuhan Yesus Kristus (yang adil, jujur, bertanggungjawab) dan tidak akan menyimpang dari ajaran Tuhan Yesus Kristus.
8. Warna lambang terdiri dari :

• Warna dasar                                              :  biru
• Warna buku                                               :  putih dengan bingkai biru
• Tulisan Universitas Methodist Indonesia         :  biru tua
• Tulisan UMI dan gambar Salib                      :  putih
• Warna daun Palma dan daun Pinus               :  putih