Fakultas Kedokteran UMI saat ini mengelola program studi Kedokteran Umum dan Profesi Dokter dengan status TERAKREDITASI. Program studi ini dirancang untuk mendidik mahasiswa menjadi tenaga professional di bidang kedokteran. Lulusan program ini nantinya siap untuk mengembangkan dan memanfaatkan pengetahuan, keahlian professional maupun personal dalam dunia kedokteran maupun pendidikan. Untuk sampai pada tahap penyelesaian Profesi Dokter total SKS yang harus diselesaikan sebanyak 195 SKS, dengan ketentuan : Sarjana Kedokteran 155 SKS ditambah 40 SKS Kepaniteraan Kllinik Junior (KKJ) dan Kepaniteraan Klinik Senior (KKS).

Sejak Tahun Akademik 2006/2007, Fakultas Kedokteran menggunakan kurikulum berbasis kompetensi (standar Internasional). Kurikulum semacam ini juga diterapkan di Maastricht Faculty Of Medicine (Belanda), Brown Faculty Of Medicine (USA).

Metode belajar-mengajar yang diterapkan adalah Belajar Mandiri Terarah (Seven Jumps - Problem based Learning), Kuliah Pakar, Latihan Keterampilan Medik (Skill laboratory Practice), Pengalaman Belajar Lapangan, dan Praktikum terintegrasi.

Untuk mendukung kemampuan tersebut mahasiswa diarahkan pada pemecahan kasus kasus dengan pemahaman pada metode yang benar. Pada saat ini Universitas Methodist Indonesia telah mendirikan RSU Pendidikan Methodist Susanna Wesley yang terletak di Jl. Setiabudi Pasar II yang jaraknya berdekatan dengan Kampus II Tanjung Sari. Rumah Sakit ini nantinya diharapkan akan mendukung mahasiswa dalam mengaplikasikan ilmu yang telah diperolehnya untuk dapat langsung berinteraksi dengan pasien.